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责任是指有义务对个人、财产和环境所造成的损害进行赔偿。对转基因生物越境转移所导致的损害进行赔偿，是生物安全议定书谈判议程中的重要议题之一。但在议定书的谈判中，没有对责任达成任何一致意见。议定书第27条规定：
“作为本议定书缔约方会议的缔约方大会应在其第一次会议上，发起一个旨在详细拟定适用于因转基因生物体的越境转移而造成损害的赔偿责任和补救方法的国际规则和程序的进程,同时分析和参照目前在国际法领域内就此类事项开展的工作,并争取在四年时间内完成这一进程。”
生物安全议定书政府间委员会（ICCP）已组织多次讨论，研讨转基因生物越境转移所导致的损害的责任和赔偿问题。在ICCP第二次和第三次会议上，ICCP讨论了由公约秘书处准备的现有相关法律的评估报告。
ICCP进一步建议，生物安全议定书缔约方大会（MOP-1）建立一个法律和技术特别工作组，对转基因生物越境转移所造成损害的责任与赔偿制定国际规则和程序。
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